Chaque plante possède une véritable carte d’identité : un genre et une espèce, désignés en latin, une langue universelle qui permet aux botanistes du monde entier de se comprendre. Lorsque l’on ajoute une variété ou un cultivar, on entre alors dans le domaine horticole. Au total, le jardin compte environ 1 200 espèces différentes, réparties sur près de 9 800 m².

Accueillir des plantes venues du monde entier pose forcément la question de leur adaptation. Charles insiste sur la formidable résilience du végétal : "Les plantes s'adaptent à la pollution, au traitement, et s'adaptent finalement aussi à l'intervention de la main et à l'activité humaine, elles s'adaptent au climat, aux conditions climatiques et à ses prédateurs" Les serres permettent d’ajuster les conditions climatiques grâce à un régulateur hydrométrique, notamment dans le palmarium et les différentes ailes aux ambiances contrôlées. Certaines plantes y restent toute l’année, d’autres seulement l’hiver. À l’automne, les espèces les plus fragiles sont sorties de pleine terre, mises en pot, taillées et hivernées avant de retrouver l’extérieur au printemps.
Le mot d’ordre reste la cohérence écologique : "On essaie au maximum d'éviter l'interventionnisme, même si on présente des végétaux qui viennent de loin, et de ne pas mettre des végétaux qui n'ont aucune chance de passer l'hiver. Donc dans un processus et raisonnement de développement durable, il faut être cohérent avec le message qu'on veut porter et l'intention d'un jardinier et d'un botaniste." Depuis 2017, l’usage de produits chimiques est d’ailleurs interdit dans les espaces publics. "On se doit d'être exemplaire, aussi pour les particuliers, pour justement faire passer ce message-là." L’une des nombreuses missions du Jardin des Plantes est donc éducative : "On est un jardin de démonstration et de pédagogie, mais aussi scientifique, ce n'est pas un jardin ludique, ou forcément esthétique, c'est l'idée de présenter les plantes telles qu'elles sont", rappelle Charles.